Askozia устроена таким образом, что в очереди вызов используются  "Local каналы".
Особенность этого типа канала - запись истории звонков формируется для каждого агента. То есть у каждого будет в истории либо пропущенный либо отмеченный.

Панель телефонии отображает "статус вызова", а не статус конкретного звонка сотруднику. То есть если вызов отвечен соседним агентом, вызов будет отмечен и у сотрудника.

Ситуация может быть решена доработкой панели телефонии.
Первоначальная обработка истории производится в форме с именем "мОбработкаДанных", функция "onUserEvent_FromCDR_OLD".
Окончательное формирование журнала звонков происходит в модуле объекта, в процедуре "ЗаполнитьТаблицуИсторииЗвонков".

Задача не совсем простая, но выполнимая. Можете заказать работку нам через форму обратной связи.

Анализируются все записи таблицы PT1C_cdr, но лучше если поле будет заполнено для всех записей.

Заполнение происходит в dialplan asterisk, который формируется модулем core. Изначально did помещается в переменную dialplan __FROMDID.

Такое маловероятно. Скорее всего было выполнено обновление модулей через интерфейс "Module Admin".
Если АТС работает стабильно, то не запускайте обновление модулей. Я не рекомендую править файл /etc/asterisk/modules.conf . Он относиться к модулям Asterisk, так можно нарушить работу АТС.
В Вашем случае были обновлены модули FreePBX  - это оболочка для генерации конфигурационных файлов Asterisk.
Я надеюсь, что баг с локальными модулями во FreePBX будет исправлен, тогда обновляться можно будет без опасений.

Скорее всего поле did в таблице "PT1C_cdr" по какой то причине не заполняется.
Пример запроса:
Функционал тестировался на дистрибутиве FreePBX Distro версии FreePBX-32bit-6.12.65.

Мне пока не ясно как воспроизвести ситуацию. Необходим анализ.
Я бы начал с просмотра структура таблиц "PT1C_cdr" и "cdr". Попытался бы понять происходит ли заполнение поля did в таблицах.
Общий порядок настройки логирования истории звонков описан на старнице
http://wiki.miko.ru/astpanel:ats:mysql

Вы можете заказать работы по анализу нам через форму обратной связи:
http://www.telefon1c.ru/contacts/

Аналогично Вы можете обратиться за анализом в компанию ВоксЛинк.

Приложите лог истории звонков за актуальную дату "2016-04-26". Согласно приложенному логу история запрошена за "2016-04-25".

1. При удалении плагина удаляется таблица истории звонков "PT1C_cdr"
   
2. При установке таблица "PT1C_cdr" создается и наполняется данными за последние три месяца
   

"PT1C_cdr" - этот таблица "дублер" основной таблицы "cdr"

Попробуйте переставить плагин pt1c, у меня сложилось впечатление, что используется пред релейная версия.
Не хватает информации в сообщениях от АТС

Пример

• 1461601508.436 это поле linkedid таблицы cdr, в актуальной версии плагина pt1c после этого поля должен идти did:
  

Приложител логи из панели телефонии в момент запроса истории звонков
http://wiki.miko.ru/astpanel:debug?roistat_visit=33962

Вам необходимо скачать дистрибутив с нашей wiki
http://wiki.miko.ru/astpanel:ats:freepbx_distro

Там лежит актуальная версия плагинов.

Актуальная версия плагина MIKO Ed. core-2.11.0.36

В первую очередь убедитесь, что поле заполняется на АТС (см. вложение).
Убедитесь, что установлены актуальные версии плагинов core и pt1c (должны быть установлены наши версии плагинов).

В форму журнала звонков добавлена информация по did номеру в таблицу истории звонков.
При создании стикера из журнала звонков стикер будет заполнен внешним номером.

Ожидал, что ссылка иначе прикрепиться...
Пример инструкции начинается с заголовка "Обновление вспомогательных скриптов на Askozia".
Только используйте дистрибутив по ссылке
http://files.miko.ru/public.php?service=files&t=a470080cec25dfa0f5941310eef58702&roistat_visit=33962

Скорее всего "сдвиг по времени" на АТС. Это известный баг Askozia
Попробуйте использовать наш патч для Askozia.

Установка патча происходит по аналогии с инструкциями:
http://wiki.askozia.ru/handbook:update401_v6_3#obnovlenie_vspomogatelnyx_skriptov_na_askozia

Обязательно перед работами выполните резервное копирование.

Убедитесь, что на сервере 1С:Предприятие разрешен запуск фоновых заданий.