Приложите скрины настроек. Как воспроизвести?

см. тему
https://telefon.miko.ru/forum/forum22/topic1833/messages/messages/
отладить проблему не просто, так как воспроизвести ее на демо сервере не реально.

Такая ситуация редко, но встречается.
Чаще всего проблема связана с звуковыми сутройствами, к примеру установлен "эмулятор звуковой карты" или подключено что то не обычно в качестве звуковой карты.

По идее вся магия должна происходить тут:
https://wiki.miko.ru/astpanel:designer:alfa5_1#ehtap_5_obrabotka_crm_softfonprof
См. метод CRM_СофтФонПроф .
"CRM_СофтФон" модуль довольно мудрено работает в альфаавто. В персональных настройках пользователя была "константа", которая отвечает за использование софтфона.

А номер для входящего и исходящего один и тот же?
Приведите пример номера телефона, можно без последних 5ти цифр

Эта функция называется хотдескиг. Когда сотрудник приходит на рабочее место, вводит "старкод" на софтфон / телефоне и совтвон автоматом настраивается для работы с внутренним номером сотрудника.

Функция не реализована для MIKOPBX

Есть нечто похожее, в модуле

• Автоматическая настройка телефонов.
  

Функция относится к аппаратным телефонам, при наборе саркома телефон пере настраивается на другой аккаунт

Для исходящих - это баг. Будет исправлен в новой версии. Если использовать в исходящем маршруте замены префикса, то будет проблема с историей.
Для входящих  все корректно - отображается DID номер. Если "раскрыть" строку истории по "стрелке" в начале строки, то увидите корректный номер назначения.

См.
https://wiki.miko.ru/astpanel:statistic:diagnosis
Возможно имеет место восстановление из резервной копии или переустановка АТС
Можно попробовать начать загрузку истории с начала
https://wiki.miko.ru/astpanel:statistic:settings#razdel_dopolnitelno

• «Свернуть служебные регистры истории звонков» - служебные регистры будут очищены, объем базы уменьшен. Служебные регистры могут понадобиться только в случае отладки модуля или при выполнении операции перезаполнения документов истории.
  
• «Инициировать загрузку с начала» - при установке этого флага и выполнении команды Свернуть служебные регистры истории звонков будут очищены все служебные регистры.
  

Это изначально связано с тем, как работает FreePBX. Если используется настройка Outbound CallerID, то история звонков в mysql будет легироваться не корректно, это видно по значению полей в базе данных, колона src.

Какую АТС используете?
В общем случае нужно гуглить в строну настройки "answered elsewhere" на asterisk

Какие наши продукты используете?
Что за отчет открываете?

Судя по всему, отображаются DID номера - номер, на который поступил звонок, часто он совпадает с логином учетной записи SIP.

Исправление проблемы есть в планах на доработку. Пока не поправили.

В web интерфейсе можно посмотреть сообщения об ошибках в консоли браузера.
Вот пример статьи
https://lumpics.ru/how-to-open-the-developer-console-in-a-browser/

Какая версия АТС используется?

Панель телефонии - это прежде всего рабочее место сотрудника. И отображаются в ней только звонки самого сотрудника.
Режим супервизора позволяет использовать дополнительные функции "Подслушать" "Шепнуть" "Подключиться к разговору" и видеть кто / с кем разговаривает.
Для просмотра всей истории звонков был разработан модуль статистики.

Если пытаться получать всю историю звонков средствами панели телефонии (более 300 записей), или формировать запросы более чем по 3 номерам, то это создаст излишнюю нагрузку на АТС и может привести к сбою в работе.

В панели телефонии история отображается только по номерам текущего пользователи, не более 300 записей.
Если необходимо отображение всей истории - то ставьте модуль "Расширенный журнал звонков"
https://telefon.miko.ru/products/journal-zvonkov/