Если база серверная, то не должно быть никаких "фризов" / тормозов.

Исходный код обрабочиков регламентных заданий в 1С открыт.
Вы можете выполнить любые правки / проверки / замеры производительности.  

Попробуйте вот по этой инструкции:
https://mikrotiklab.ru/nastrojka/probros-portov-mikrotik.html

Статей в интернет на эту тему довольно много.
Статья на Хабр не моя, видимо автор отправил ее в черновики.

Упрощенный вариант перехвата на ответственного сотрудника. Если с клиентом кто либо уже разговаривал за последние N минут, то вызов сразу поступит на "ответственного".

Для отключения опции достаточно установить для опций значение 0.

Настроено вроде все верно.
Тогда нужно смотреть логи прохождения звонка:

• Инструкция для получения логов в Putty
  

Предварительно включить логи:

Код
asterisk -rx 'agi set debug on'

Я бы попробовал "Подключиться к АТС с помощью SSH-клиента" и выполнить команду:

asterisk -rx 'core show hint 3'

Вывод команды должен быть следующим:
3@internal-hints : Custom:3           State:Idle            Presence:not_set         Watchers  0

Для номера очереди / IVR всегда будет "State = Idle".
Убедитесь, что не переопределяли файл extensions.conf через кастомизацию системных файлов.

Попробуйте настроить по инструкции, через создание локального приложения.  

да, верно, просто изменить нумерацию. должно работать.

пока нет возможности указать соответствие 1 -> 2001 / 2 -> 2001 как в модуле IVR.

В разделе "Системные логи" см. логи модуля x 24, мб там будет детализация ошибки.  

Приложите скриншоты настроек АТС.
Где на станции Вы определили номера отделов?
У нас на АТС созданы очереди "Отдел продаж" /  "Отдел ТО" и так далее. Номера этих отделов отлично набираются через Smart IVR, никаких доп. настроек не требуется.

Дополнительных требований нет.  

Приложите скриншоты истории звонков с АТС.
Как выглядят эти звонки там?  

Приложите скриншоты настроек
Убедитесь, что корректно указан регион.
Как вариант - настройте по инструкции.  

Если АТС поддерживает SIP, то "Панель телефонии для 1С" вполне реально подключить в качестве софтфона.

Цены на продукты доступны на сайте:
https://telefon.miko.ru/price/

А лучше свяжитесь с нами по телефону +74952293042 и наши менеджеры вас проконсультируют.

А на АТС в истории звонков номера телефонов отображаются корректно? Для начала можно снять дамп звонка

• Снятие лога с помощью Sngrep
  

Это поможет понять где проблема, на телефоне или на MikoPBX

рекомендую обновиться до актуальной версии