Тут отладки не увидите.
Просто откройте ссылку в вэб браузере.
http://IP_PBX:80/admin/1c/download/index.php?type=Records&view=/var/spool/asterisk/monitor/2017-09/18/in_536_2017-09-18-15-12-16.wav

Запустите сперва внешнюю панель. Убедитесь, что проблема пропадет с "затиранием" значений.
Отпишите по результату.
Если проблема пройдет подскажу дальше на что обратить внимание.

Модуль статистики лицензируется отдельно.

верно
и на астер и на канал и на логи.. не желательно в общем, для этого мы и писали дополнительный модуль статистики
Этот вопрос прежде всего к asterisk.
Достоверности в истории звонков в панели телефонии вполне достаточно для "рабочего места оператора", где длительность +-10 секунд не так уж и страшно.
Если хотите строить отчеты - функций панели телефонии НЕ достаточно. Не стоит городить костыли и допиливать панель для отчетов. Для этих целей реализован дополнительный модуль.

Это понятно.
Связан этот эффект с обновлением интерфейса окна 1С.
Обновление происходит в тот момент, когда в панели телефонии изменяется отображение "активной линии разговора".

При отображении информации активной линии используются элементы формы "декорации", к сожалению они накладывают "скрытые эффекты", к примеры не явные вызовы сервера при изменении заголовка декорации или перерисовка интерфейса 1С.

При использовании внешней панели механизм отображения активной линии в 1С (декорации) не используется, потому проблемы нет.
У внешней панели также открытый исходный код. При желании и ее можно доработать.

Ограничение намеренно установлено в скрипте "1C_CDR.php" на АТС.
Это насилие гонять через AMI большие объемы данных.

Верное решение - используйте наш модуль статистики:
https://telefon.miko.ru/products/journal-zvonkov/

Эта информация берется из поля "billsec" таблицы cdr на АТС. По идее это длительность разговора. Но в таблице cdr  данные не всегда достоверны (есть отклонения от действительности).
В модуле статистики этого недостатка нет. Мы дополнительно используем данные другой таблицы - cel, для анализа длительности разговора.

Прошу приложить файл

• /admin/1c/download/index.php (во вложение поправленный мной файл из дистрибутива "dialplan_miko_ajam") в нем добавил немного информации для отладки
  

Путь указан относительно www директории.

Установлен ли sox?

В настройках панели телефонии есть "Активизировать при звонке". Активизация панели переключает фокус на панель.
Дополнительно, желательно использовать наш продукт "внешняя панель", решает те же проблемы.
https://wiki.miko.ru/astpanel:outpanel_load
Это следует анализировать на asterisk.

Панель телефонии может работать на Linux с рядом ограничений:

• Не поддерживается работа продукта "внешняя панель"
  
• Не поддерживается работа встроенного софтфона
  
• Не поддерживается работа web клиента 1С
  

Процесс настройки / работы аналогичен как на windows.

Пока данных достаточно.
Скрипт опубликован как ресурс "/admin/1c/download/index.php". Он пытается найти файл записи по пути:
/var/spool/asterisk/monitor/2017-09/18/in_536_2017-09-18-15-12-16.wav

найдите этот файл, где он расположен? Не был ли перемещен / пере именован.
find / -name in_536_2017-09-18-15-12-16.wav

Эту СУБД не встречал на проектах. в основном клиенты используют MySQL / Sqlite3.

Обсуждение ведется на другом форуме.
https://qa.askozia.ru/4429/как-можно-построить-маршрут-задержкой-вызова-других-номеров

Ничто подобное правили в более новой версии модуля статистики.
Попробуйте использовать версию 1.0.1.15

Если не поможет - создайте обращение через форму обратной связи:
https://telefon.miko.ru/contacts/

Присылайте конфигурацию к нам на анализ.
Обращение можно создать через форму обратной связи
https://telefon.miko.ru

Приложите ссылку на это обсуждение.

на первый взгляд все хорошо.
попробуйте в web браузере открыть ссылку:
http://IP_PBX:80/admin/1c/download/index.php?type=Records&view=/var/spool/asterisk/monitor/2017-09/18/in_536_2017-09-18-15-12-16.wav

• "IP_PBX" - адрес АТС