Если АТС настроена "с нуля", то и история звонков скорее всего тоже пишется "с нуля".
Значит "сбились" индексы в таблицах.
Попробуйте выполнить команды:

• «Свернуть служебные регистры истории звонков» - служебные регистры будут очищены, объем базы уменьшен. Служебные регистры могут понадобиться только в случае отладки модуля или при выполнении операции перезаполнения документов истории.
  
• «Инициировать загрузку с начала» - при установке этого флага и выполнении команды
  

Инструкции тут:
https://wiki.miko.ru/astpanel:statistic:settings#razdel_dopolnitelno

Слишком мало информации для анализа.

• Какая АТС используется?
  
• Какая версия модуля статистики?
  

Очевидно, что есть проблема с исходящими звонками. Приложите пример документов, которые не попали в отчеты. Опишите ожидаемое поведение для каждого лога документа.

Инструкции по снятию логов:
https://wiki.telefon1c.ru/astpanel:statistic_debug

Создайте обращение через форму обратной связи:
https://telefon.miko.ru/contacts/
в обращении приложите ссылку на это обсуждение.

Вышлем новую версию (пред. релиз). mlworker32 более не используется.  

Такой возможности нет.

C 3CX на текущий момент нет нормальной интеграции с 1С:Предприятие (на рынке в целом).
Разрабочики отказались от развития Askozia, но она может отлично работать и пока не вижу смысла переходить на что то другое.

В будущем мы предложим альтернативу Askozia, следите за нашими новостями / вебинарами.  

в логе вроде все нормприложите логи из панели телефонии
https://telefon.miko.ru/forum/forum18/topic851/messages/messages/

У Вас влючен лог.
В каталоге с прокси сервером (вы указали при установке) лежит директория log. Проанализируйте его содержимое. Приложите тут вложением.

Логирование не рекомендую включать на постоянной основе - может забить диск.

Встроенный софтфон может работать только в клиенте 1С:Предприятие 32 bit и под ОС windows.

Прошу создать мне обращение через форму обратной связи:
https://telefon.miko.ru/contacts/

Похоже на одну из исправленных нами ошибок в предварительном релизе. Вышлем вам новую версию. Надеюсь это поможет.

В теме заявке укажите "Для Алексея" и приложите ссылку на эту тему.  

Выполните проверку с ПК, где установлен прокси сервер:
https://wiki.miko.ru/astpanel:ast_miko_proxy?roistat_visit=479341&_ga=2.248675972.287356562....

Начните с проверки настроек АТС:
http://10.0.0.63:8088/asterisk/rawman?action=login&username=1cami&secret=PASSWORD1cami

Скорее всего прокси не подключился к АТС.
Проверяйте настройки.
https://wiki.miko.ru/astpanel:ast_miko_proxy?roistat_visit=479341&_ga=2.144357942.287356562....

Укажите версию модуля статистики. Попробуем воспроизвести ситуацию.  

AddIn.Protection.MIKO_Protection1C - это компонент защиты конфигурации, dll. Он может работать только под windows.
Под какой операционной системой запущен сервер 1С:Предприятие?  

Для вопросом по Askozia есть отдельный форум:
https://qa.askozia.ru


Ознакомьтесь с темой:
https://qa.askozia.ru/3391/как-поменять-пароль-администратора-интерфейс-askozia-через?show=3397#c339...
Диск по умолчанию смонтирован только на чтение. При подключении по Ssh можно выполнить команду:Текущую тему закрываю. Если есть необходимость продолжить обсуждение - создайте тему на другом форуме:
https://qa.askozia.ru

приложите логи из панели телефонии:
https://telefon.miko.ru/forum/forum18/topic851/messages/messages/

Проверьте, есть ли история звонков в интерфейсе FreePBX
Проверьте в базе данных MySQL, заполняется ли таблица PT1C_cdr.