Укажите версию панели телефонии.

Да, Вы правы, разница все же есть. При непосредственном наборе с телефона - вызов исходящий (технически).
При наборе из панели телефонии вызов "входящий".

Функция передачи голоса - это функция АТС, она не имеет прямого отношения к панели телефонии в указанной схеме работы.
Вам следует анализировать логи телефонной станции. Как вариант, обратитесь к технической поддержке ipmatika.ru или службе, занимающейся сопровождение АТС.

Ничего другого пока не могу рекомендовать.

Пожелание записали. Спасибо.
Поправим в следующих версиях.

Прошу описать порядок действия для воспроизведения ситуации.
Если возможно, присылайте нам демо базу.

Мои рекомендации прежние. Обратитесь к документации mysql-connector-odbc либо используйте подготовленные дистрибутивы.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/linux-installation-yum-repo.html#yum-install-components

Таблицы никак не синхронизируются.
Они наполняются параллельно. Вам необходимо сформировать дополнительный "update" запрос к таблице PT1C_cdr.

Панель телефонии работает с таблицей "PT1C_cdr".
Не удаляйте и не меняйте ее. Эта таблица специальным образом подготовлена для работы с панелью телефонии.

Мои рекомендации:

1. Исправить имена файлов в таблице "PT1C_cdr"
   
2. Доработать скрипты 1С_Download.php и 1C_Playback.php нужно к имени файла добавлять новое расширение. Задача для программиста.
   

Вероятно второй путь проще.

Варианты:

1. Исправить имена файлов в таблице "PT1C_cdr"
   
2. Доработать скрипты 1С_Download.php и 1C_Playback.php нужно к имени файла добавлять новое расширение. Задача для программиста.
   

Да, упустил описание метода в строке:
Set(CDR(accountcode)=${CALLERID(dnid)})

детальнее:

1. Set(...) - вызов функции dialplan Asterisk
   
2. CDR(accountcode) - переменная dialplan, она будет записана в таблицу истории звонков
   
3. ${CALLERID(dnid)} - новое значение переменной.
   

описание можно почитать на сайте:
http://asterisk.ru/knowledgebase/Asterisk+func+set

В новой версии мы переработали механизм сохранения и восстановления настроек.
Будет работать лучше.
Исправил ряд ошибок.

В панели телефонии такой возможности нет.
Механизм предназначен для получения истории звонков только по ограниченному количеству номеров.

Для вашей задачи разработан дополнительный модуль "Расширенный журнал звонков с элементами статистики"
http://wiki.miko.ru/astpanel:statistic
Стоимость модуля 9990р.

Укажите версию панели телефонии.
Какая АТС используется? По каким инструкция настроена?

На примере Askozia:
В журнале звонков панели телефонии отображается длительность всего разговора. Со всеми пере адресациями.

приложите скриншот как добавили строчку.  

Причина:

Актуально, когда один поставщик услуги предоставляет несколько учетных записей, для регистрации используется один и тот же IP адрес и один порт.
Фактически, все входящие вызовы Asterisk начинает считать как вызовы от ОДНОЙ учетной записи и переводит их в один и тот же контекст выполнения.

Решение:

Как я понял используется АТС Askozia.
Следует попробовать выполнить на АТС следующий трюк:

На АТС, в настройках учетной записи типа "Провайдер" заполнить поле "Manual Dialplan Incoming" следующей строчкой:При этом поставщик услуг телефонии "IZET" должен передавать на вашу АТС номер, на который звонит клиент.

Мы обошли аналогичную ситуацию с поставщиком "Манго Офис" именно так.

PS В модуле статистике, для "Транка" следует указать "accountcode" номер, который присылает поставщик услуги, обычно он соответствует номеру, на который звонит клиент, пример "74952293042"
http://wiki.miko.ru/astpanel:statistic:settings#tranki_vneshnie_linii