Варианты:

1. Исправить имена файлов в таблице "PT1C_cdr"
   
2. Доработать скрипты 1С_Download.php и 1C_Playback.php нужно к имени файла добавлять новое расширение. Задача для программиста.
   

Да, упустил описание метода в строке:
Set(CDR(accountcode)=${CALLERID(dnid)})

детальнее:

1. Set(...) - вызов функции dialplan Asterisk
   
2. CDR(accountcode) - переменная dialplan, она будет записана в таблицу истории звонков
   
3. ${CALLERID(dnid)} - новое значение переменной.
   

описание можно почитать на сайте:
http://asterisk.ru/knowledgebase/Asterisk+func+set

В новой версии мы переработали механизм сохранения и восстановления настроек.
Будет работать лучше.
Исправил ряд ошибок.

В панели телефонии такой возможности нет.
Механизм предназначен для получения истории звонков только по ограниченному количеству номеров.

Для вашей задачи разработан дополнительный модуль "Расширенный журнал звонков с элементами статистики"
http://wiki.miko.ru/astpanel:statistic
Стоимость модуля 9990р.

Укажите версию панели телефонии.
Какая АТС используется? По каким инструкция настроена?

На примере Askozia:
В журнале звонков панели телефонии отображается длительность всего разговора. Со всеми пере адресациями.

приложите скриншот как добавили строчку.  

Причина:

Актуально, когда один поставщик услуги предоставляет несколько учетных записей, для регистрации используется один и тот же IP адрес и один порт.
Фактически, все входящие вызовы Asterisk начинает считать как вызовы от ОДНОЙ учетной записи и переводит их в один и тот же контекст выполнения.

Решение:

Как я понял используется АТС Askozia.
Следует попробовать выполнить на АТС следующий трюк:

На АТС, в настройках учетной записи типа "Провайдер" заполнить поле "Manual Dialplan Incoming" следующей строчкой:При этом поставщик услуг телефонии "IZET" должен передавать на вашу АТС номер, на который звонит клиент.

Мы обошли аналогичную ситуацию с поставщиком "Манго Офис" именно так.

PS В модуле статистике, для "Транка" следует указать "accountcode" номер, который присылает поставщик услуги, обычно он соответствует номеру, на который звонит клиент, пример "74952293042"
http://wiki.miko.ru/astpanel:statistic:settings#tranki_vneshnie_linii

Не обратил внимание на это сразу.
В этом режиме работы вызов осуществляется аналогично, если бы Вы набирали номер с телефона на прямую.
Скорее всего проблема в организации сети и в настройках станции / телефонов.

Обратитесь к документации АТС, документации телефонов.

В логи АТС, смотрите сообщения об ошибках. Обратитесь к документации АТС.

Где запускаете 1С с нашей обработкой? RDP или локальная машина?
Смотрите в логи на АТС.

Начните с логов
На wiki описали инструкции по включению режима отладки.

Какая версия журнала используется?
Как заведены входящие на АТС?
Кто выступает в роли провайдера?
Правильно ли я понял:

• Актуально только для входящих
  
• Все входящие идут на один и тот же маршрут вызовов
  

Как воспроизвести ситуацию? На наших серверах мы не замечали подобного.

Помимо логов, как это сообщение влияет на работоспособность системы?
На сколько критичен этот момент?

Убедитесь, что профиль настроек назначен пользователю
http://wiki.miko.ru/astpanel:enterprise:ordinary#profili_nastroek
Попробуйте:

1. Удалить пользователя из состава профиля
   
2. Добавить его снова
   
3. Сохранить изменения
   

Попробуйте начать с документации MySQL
2.5.1 Installing MySQL on Linux Using the MySQL Yum Repository

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/linux-installation-yum-repo.html#yum-install-components
Будте аккуратны, не забывайте о резервных копиях.

Альтернативные варианты:

1. Перейти на другие сборки, новые версии Elastix, FreePBX Distro
   
2. Обратиться за помощтю в настройке к нашим партнерам оценят работы, сделают надежно
   

Используйте поле "Адрес АТС"