Найдите в панели телефонии место, где устанавливается свойство "AllowStopStartMusic".
Лучше воспользоваться глобальным поиском.

Установите это свойство в ЛОЖЬ.

Описание свойства в  документации
http://wiki.miko.ru/sip1c:api

"Разрешить управление громкостью других устройств, например музыкального плеера, при обработке звонка"

С Chrome есть проблемы при работе.
Попробуйте использовать фаерфокс или тонкий клиент.

Посмотрите в отладчике, верно ли установлены значения переменных.
Нужно больше деталей для анализа.

В течении октября выпустим релиз, где эта ошибка исправлена.

В панели телефонии, в модуле формы с именем "Форма" (основная форма обработки):
Найдите процедуру "SIP_ПодключитьАудиоУстройства".

Проверьте последовательность параметров при вызове "SIP.BeginCallingSetSoundDevices", должно быть:

1. input - устройство ввода
   
2. out - устройство вывода
   
3. out_audio - устройство вывода звука звонка
   

Внешняя панель не может влиять на звук. Ее задача "Представление / отображение" информации.
Попробуйте посмотреть на АТС наличие ошибок.

Специалисты ipmatika связались со мной.
Передал им техническую информацию. Будем держать Вас в курсе.  

Попробуйте понаблюдать, в панели управления звуком выключается ли звук для приложения "1С Предприятие"?

Укажите версию панели телефонии.

Да, Вы правы, разница все же есть. При непосредственном наборе с телефона - вызов исходящий (технически).
При наборе из панели телефонии вызов "входящий".

Функция передачи голоса - это функция АТС, она не имеет прямого отношения к панели телефонии в указанной схеме работы.
Вам следует анализировать логи телефонной станции. Как вариант, обратитесь к технической поддержке ipmatika.ru или службе, занимающейся сопровождение АТС.

Ничего другого пока не могу рекомендовать.

Пожелание записали. Спасибо.
Поправим в следующих версиях.

Прошу описать порядок действия для воспроизведения ситуации.
Если возможно, присылайте нам демо базу.

Мои рекомендации прежние. Обратитесь к документации mysql-connector-odbc либо используйте подготовленные дистрибутивы.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/linux-installation-yum-repo.html#yum-install-components

Таблицы никак не синхронизируются.
Они наполняются параллельно. Вам необходимо сформировать дополнительный "update" запрос к таблице PT1C_cdr.

Панель телефонии работает с таблицей "PT1C_cdr".
Не удаляйте и не меняйте ее. Эта таблица специальным образом подготовлена для работы с панелью телефонии.

Мои рекомендации:

1. Исправить имена файлов в таблице "PT1C_cdr"
   
2. Доработать скрипты 1С_Download.php и 1C_Playback.php нужно к имени файла добавлять новое расширение. Задача для программиста.
   

Вероятно второй путь проще.