это поведение похоже, на "активизацию" панели телефонии при звонке. предполагаю, что Вами используется панель для "Управляемое приложение".
Попробуйте в настройках панели телефонии отключить активизацию при звонке. Дополнительно включите использование продукта "Внешняя панель" - это должно помочь;