Добрый день.
Столкнулся с такой же проблемой, решил, вот что я делал:
1.  В  /etc/php5/cli/php.ini  отключил вывод ошибочных сообщений похоже из-за них обрывается pipe
display_errors = Off
display_startup_errors = Off


В скрипте 1C_CDR.php
2. изменил запрос  таким образом , плохо срабатывает автоматическое преобразование типов

INS ERT INTO $db_name.$name_tmp_cdr ( calldate, billsec, channel, disposition, dst, dstchannel, lastapp, linkedid, recordingfile, src, uniqueid, lastdata, did)
SEL ECT
 calldate,
 billsec,
 channel,
 disposition,
 dst,
 dstchannel,
 lastapp,
 linkedid,
 recordingfile,
 src,
 uniqueid,
 lastdata,
 did
FR OM $db_name.PT1C_cdr
WHERE DATE(PT1C_cdr.calldate) BETWEEN '$date1' AND '$date2';";



этот пункт не обязателен, хотя возможно он тоже сыграл свою положительную роль.

3. в этом запросе в конце убрал AND , потому как если номера запросу не передадутся после AND в запросе сразу идет конструкция LIMIT 200 и запрос выполняется с ошибкой

INS ERT IN TO $db_name.$name_tmp_linkedid (linkedid)
SELE CT DISTINCT
 $name_tmp_cdr.linkedid
FR OM $db_name.$name_tmp_cdr
WH ERE
linkedid<>'' ";


4. а вот тут AND добавил

for($i=0; $i < $rowCount; $i++) {
 $num = $numbers[$i];
 if($num == ''){
       continue;
 }
 if(!$i == 0)
       $zapros=$zapros.' OR ';
 if($i == 0)
       $zapros=$zapros.' AND ';